Sadece 41 gün sonra Johnson Amerika Birleşik Devletleri Başkanı idi. 15 Nisan'da, o resmen Lincoln'ün ölümünden sonra onun arkaya tebliğ edilmiştir. hayır "rehin veya vaatlerde yaparken ofis yemin. Başkanı Adalet Salmon P. Chase tarafından otel odasında verildi, "Johnson, ilk Güneyde doğru acı gibiydi ve, şeklindeki sözleri kaydedildi" İhanet rezil yapılmalıdır ve hainler cezalandırılması ve yoksul olması gerekir. "Bu Kongre kontrollü Radikal Cumhuriyetçiler, ikna o empoze etmek konusundaki kararlılıklarını paylaşılan mağlup Konfederasyonu üzerine sert bir kural.
suikast şoku yatışmış sonra ancak, Johnson o Güney yönünde Lincoln'ün uzlaşmacı bir politika takip edecek şekilde planlanmıştır belirtti. O onun nesne olduğunu söyledi "anlık tutkuların egemenliğini kaçmak için ve Anayasanın temel ve değişmez ilkelerine bir şifa politikası elde etmek."
Johnson'ın politikasının temel kavramlar iki bildirilerin açıklandı En tanınmış eski Konfederasyona ama tüm 29 Mayıs 1865 ilk verilen af yayınladı. Diğer diğer Konfederasyon devletler için benzer düzenlemeler önceden bildiren, Kuzey Carolina sivil hükümete geri. Senato'da Ev ve Charles Sumner Thaddeus Stevens tarafından liderliğindeki Radikaller, onlar Güney savaş sırasında kaybettikleri çok ne yeniden korkarak, Başkanın hoşgörülü ne kabul kınadı.
1866 yılından itibaren Kongre Başkanlık programını frenlemek için tasarlanmış faturaları geçmeye başladı. O bu önlemleri veto etti. Radikaller 1866 seçimlerinde destekçilerini kazandıktan sonra, ancak, çoğu faturaları onun veto üzerine çıkartılmıştır. O da siyasi manevranın de Lincoln'ün el çabukluğu yoktu. Askeri Güney'de kural, eski isyancıların haklarından mahrum ve siyahlar için sınırsız oy hakkı çağrısında Mart 1867 geçirilen iki İmar faturaları belirtilen Radikal program. Ayrıca, daha yürütme yetkisini zayıflatmak, Kongre Senato onayı ile atandığını ofis yetkilileri kaldırmasını Başkanı yasaklayan Office Yasası görev süresi geçti. Bütün bu faturalar Johnson'ın veto üzerine yürürlüğe girmiştir.
Lincoln'ün ölümünden sonra, Johnson, onun altında hizmet vermeye devam etmek suikast Başkanın kabinesini ikna etmişti. Savaş Bakanı Edwin M. Stanton, ancak, Radikallerin bir müttefiki oldu. Ağustos 1867 yılında Johnson Ofisi Yasası görev süresi ihlal Stan ton reddetti. Radikall