2006 yılında, doğal afetler Endonezya insanların bir dizi öldürdü. Büyük bir deprem Mayıs ayında vurdu zaman fazla 5800 kişi Java adasında öldü. Bir tsunami Java çarptı sonra Temmuz ayında 600'ün üzerinde insan öldürüldü. 2009 yılında, Yudhoyono seçildi.
tsunami Endonezya hükümet güçleri ve bağımsızlık arayan isyancılar arasındaki ilişkiler Aceh bölgesinde sakin başladı. Ağustos 2005 yılında iki grup bir barış anlaşması imzaladı. Aceh Temmuz ayında parlamento tarafından daha fazla özerklik (self-kural) verildi, 2006. Seçimler aynı yılın Aralık ayında bölgede gerçekleştirildi.
