Endonezya askerleri topraklarının kontrolünü ele bağımsızlık arayan isyancıları önlemek için 1975 yılında Doğu Timor Portugual eski kolonisi girdi. Onlar arazi ilhak zaman asker, 1975 ve 1976 yılları arasında Doğu Timor nüfusunun yaklaşık yüzde otuz öldürdü. Isyancılar ve Endonezya güçleri arasındaki çatışmalar 1980 ve 90 'boyunca devam etti. 1999 yılında, Doğu Timor bağımsızlık referandumu onayladı. Yaklaşık 2000 kişi oylama sonrasında Endonezyalı milisler tarafından öldürüldü. Endonezya üç ay sonra güçlerini geri çekti.
Bu arada, Suharto geçirdi 1970 ve baskıcı bir diktatörlük rejimini empoze ederken, ekonomiyi modernleştirmek 80. 1990 Endonezya'da dünyanın en hızlı büyüyen ekonomilerinden biri vardı. Iktidar Pozisyonlar çok zengin oldu çoğu Suharto'nun arkadaşlar ve aile üyeleri tarafından dolduruldu. Ekonomi 1997 ve 1998 yıllarında derin resesyona düştüğünde, kitlesel sokak protestoları Cakarta ve diğer bazı şehirler bozulur. Suharto devletten yakın 600.000.000 $ çalmakla suçlanan ve istifa etmek zorunda kaldı. O Başkan Yardımcısı BJ Habibi tarafından değiştirildi.
1999 yılında, doğu Endonezya Moluccan adalar (veya Baharat Adaları) Müslüman göçmen akını 5000'den fazla kişinin öldüğü Müslümanlar ve Hıristiyanlar arasında kavga neden . 1999 sonlarında
Abdurrahman Wahid kırk yıl içinde ülkenin ilk demokratik yollarla seçilmiş başkanı oldu. Başkan Megawati Sukarnoputri başkanı oldu 2001 Ancak, o, Temmuz ayında yolsuzluk suçlamalarıyla mahkeme ediliyordu.
2002 yılında, 190'dan fazla kişinin terörist bomba Bali patladı zaman öldürüldü.
Temmuz ve Eylül 2004 yılında Endonezya ilk direkt başkanlık seçimleri düzenledi. Hiçbir adayın ilk turda oyların çoğunluğunu aldı. İkinci turdan sonra, Emekli General Susilo Bambang Yudhoyono Megawati yenerek seçimi kazandı.
Aralık 2004 adanın 100.000'den fazla nüfusu öldüren tsunami sonrasında Kuzey Sumatra açıklarında bir denizaltı deprem nedeniyle büyük bir
