Oppenheimer, Amerika Birleşik Devletleri ve bir güvenlik riski olmakla suçlandı, Aralık 1953 yılında, onun güvenlik açıklık askıya alınmıştı. Oppenheimer GAC istifa veya duruşma var seçeneği verildi. Oppenheimer istifa etmeyi reddetti ve bir duruşma talep etti. 1954 duruşma sırasında birçok bilim adamı ve kamu görevlileri Oppenheimer'ın sadakatini teyit etmiştir. Bununla birlikte, 27 Mayıs 1954 tarihinde, güvenlik kurulu onun sadakatini kabul bile, Oppenheimer güvenlik boşluğunu yeniden reddetti. AEC hemen onunla sözleşmesini iptal olmasına rağmen, dokuz yıl sonra onun Enrico Fermi Ödülü ile onurlandırılmıştır.
Institute for Advanced Study doğrudan devam yanı sıra, Oppenheimer gelecek yıllarda çok sayıda kitap yazdı , Bilim ve Ortak Anlayışı (1954), Açık Zihin (1955), ve Uçan Trapez dahil. Fizikçiler için üç Krizler (1964)
1994 yılında, emekli KGB (Sovyet gizli polis), genel iddia otobiyografisinde Oppenheimer Sovyetler Birliği'ne atomik sırlar iletilen olduğunu. Anı hataları ile dolu olduğundan, genel olarak bilimsel topluluk Oppenheimer bilerek ülkesini ihanet asla inanmak devam ediyor. 
[1] [2]