1685 Penn'in eski arkadaşı Kritik Years
. Kral ile nüfuzunu kullanarak, Penn birçok Quakerler tahliyesini kazandı. Ancak, Katolik kralı olan yakın dostluğu ona karşı şüphe uyandırdı. James 1688 Glorious Devrimi devrildi zaman Penn tehlikeli bir durum oldu. O vardı birkaç kez ihanet suçlamaları yanıtlamak ve 1692 yılında Pennsylvania onun valilik mahrum kaldı.
Penn dini huylardan bir kitap, Yalnızlık Bazı Meyve ve barış üzerine bir deneme yayınlanan Ertesi yıl hangi o uluslararası bir parlamento kurulması önerdi. Nihayet kendisine yöneltilen suçlamalardan temize onun valiliğe restore edilmiştir. 1697 yılında Ticaret Londra Kurulu'na Amerikan kolonileri birleştirmek için bir plan sundu. Penn Amerika'ya geri döndü
1699 yılında Sonra Etkinlikler
. O Kızılderililer ile eski anlaşmaları yenilemiş ve yenilerini yaptı. 1701 yılında Ayrıcalıklar Şartı, koloni Amerikan Devrimi kadar idare edildiği altında Pensilvanya revize anayasa hazırlamak yardımcı oldu. 1701 yılında İngiliz Parlamentosu, tüm özel olarak düzenlenen Amerikan kolonilerini ele taşındı ve Penn onun mülkiyeti korumak için İngiltere'ye döndü.
İngiltere'de geçirdiği Onun son yıllarını, sorunlu bulundu. Bir süre o borçlu cezaevinde sınırlı idi. İngiliz hükümetine yaptığı koloniyi aktarmak hazırlanırken 1712 yılında, o bir özürlülük felç geçirdi. Onun ölümüyle Pennsylvania mülkiyeti dul eşine ve daha sonra oğulları geçti.
1984 yılında, onursal vatandaşlık Penn ve Amerika Birleşik Devletleri tarafından eşi Hannah, tevcih edildi.