Batı Türkistan Buhara (sermaye) güzelliği ve kültür Bağdat'ın bir rakibi yaptı Müslüman Pers Samaniler, etki alanı haline dokuzuncu yüzyılda. Bölgenin Kontrol 999 Türklere düştü ve yerli halklar giderek onlar tarafından absorbe edildi.
Cengiz Han'ın Moğollar 1219-20 döneminde Orta Asya'nın tüm fethetti ve Türkistan Moğol İmparatorluğu'nun bir parçası oldu . Moğollar tarafından tutulan sipariş mümkün Marco Polo 1270 yıllarda Çin'e eski İpek Yolu üzerinde seyahat etmek için yapılmış ve elde edilen ticaret birkaç yüzyıl boyunca gelişti.
Moğol İmparatorluğu kadar kırmaya başlayınca 14. yüzyıl, Timur batıda iktidarı ele geçirdi. Onun mirasçıları altında, ancak, onun imparatorluk Buhara-Semerkand bölgeye küçüldü ve erken 16. yüzyılda kayboldu. Türkistan Türk beylikleri savaşan bir takım arasında bölündü. İpek Yolu kullanmak için çok tehlikeli oldu; Anthony Jenkinson, bir İngiliz tüccar, 1558 yılında Buhara daha uzak doğuya gidebiliriz. Uzakdoğu'ya deniz yolları, ancak bulunmuştu ve Orta Asya artık Batı dünyasının önemli oldu.
Rusya kuzeybatı Türkistan içine genişletti ortalarında 18. yüzyılda ve Çin güneydoğu bölgesini boyun eğdirme başladı. Rusya'nın son toprak gelişmeler 19. yüzyılın ikinci yarısında meydana geldi. 1922 yılında Türkistan batı ve orta kısımları Sovyetler Birliği'nin bir parçası haline geldi. Sovyet Türkistan Özbek, Türkmen, Tacik, Kırgız, Kazak ve sovyet sosyalist cumhuriyetler parçası yapıldı. 1991 yılında, Sovyetler Birliği'nin dağılmasından sonra, bu cumhuriyetler bağımsız oldu.