1888 yılında Brunei, Sarawak ve Kuzey Borneo İngiliz protektoralar oldu. Dört yıl sonra sınır adadaki İngiliz ve Hollandalı eşyalarını arasında tespit edildi. Dünya Savaşı sırasında Borneo kıyı alanlarının bazı Japonlar tarafından işgal edildi. 1946 yılında Sarawak ve Kuzey Borneo İngiliz kolonileri yapılmış, ancak Brunei İngiliz korumalı saltanatın kalmıştır. Hollandalı Borneo Endonezya oluşturmak için 1949 yılında Sumatra, Madura ve Java ile birleşti.
1963 yılında Sarawak ve Kuzey Borneo (Sabah değiştirildi) Malezya bağımsız bir ülke oluşumunda Malaya ve Singapur katıldı. Malezya yaratılmasına Endonezya'nın Borneo muhalefet silahlı çatışmaya yol açtı; 1966 Brunei 1984
bağımsız hale de savaş sona erdi