Haziran 1993 seçimlerinde, olarak, Hutular cumhurbaşkanlığı ve parlamento kontrolünü kazandı. Ekim ayında, cumhurbaşkanının darbeyle Tutsi ordu subayları tarafından öldürüldü ve şiddet 100.000 ölü bırakarak, Hutular ve Tutsiler arasında patlak verdi. Darbe başarısız oldu ve ordu tarafından devrildi zaman Hutu-egemen devlet 1996 yılına kadar pawer kaldı.
2000 yılında, hükümet ve birkaç isyancı gruplar barış anlaşması imzaladı. 2001 yılında, bir geçiş anayasası kabul edildi ve Buyoya bir geçiş hükümeti başkanı oldu. 2005 yılının Şubat ayında, seçmenler Hutu ve Tutsi yasama koltuklar, kabine ve askeri roller belli bir pay hem de garanti yeni bir anayasa kabul etti. 2005 yılı Temmuz ayında, seçimlerin Ulusal Meclis ve Senato için yapılmıştır. 2006 yılının Eylül ayında, hükümet ve geriye kalan tek isyancı grup, Ulusal Kurtuluş Güçleri (FNL), bir ateşkes anlaşması imzaladı.
